کفیر برای نگهداری نیاز به یخچال ندارد و حتی در دمای محیط، تخمیر شیر بهتر انجام می گردد. تنها نکته در حمل و نقل قارچ کفیر، تعویض شیر در هر سیکل ۲۴ تا حداکثر ۷۲ ساعت می باشد. ضمنا تکان های حمل نقل نه تنها مشکلی برای کفیر ایجاد نخواهد کرد، بلکه باعث افزایش سرعت تخمیر شیر و تولید کفیری ترش تر و متفاوت تر خواهد شد.

چند نکته ای که در هنگام حمل و نقل کفیر باید رعایت شود:

• استفاده از ظروف پلاستیکی با کیفیت، قفل دار و دارای واشر برای ظرف تخمیر به جهت جلوگیری از حوادث شکستگی و یا ریختن شیر در هنگام حمل و نقل
• رعایت نظافت، شستن دستها و سبد جداسازی در هنگام تعویض شیر برای جلوگیری از آلوده شدن قارچ ها
• خالی گذاشتن ۴ تا ۵ سانت بالای ظرف تخمیر به جهت داشتن هوای کافی برای تخمیر (پرنکردن کامل ظرف از شیر)
• استفاده از شیرهای پاستوریزه تولید روزانه با حداکثر ماندگاری ۳ تا ۵ روزه

ضمنا همانطور که در ریزه کاری های طرز تهیه کفیر آمده، می توانید حداکثر برای یکهفته، قارچ ها را داخل شیر تازه و در ظرف وکیوم؛ داخل خنک ترین قسمت یخچال نگهداری نمائید، بدون اینکه برای قارچ ها مشکلی پیش آید، ویا نیازی به تعویض شیر باشد.