منظور از قرار دادن ظرف تخمیر در یخچال، عموما نگهداری طولانی مدت بدون تعویض شیر می باشد. که در این صورت بهتر است که درب ظرف کاملا بسته باشد تا اکسیژن کمتری به قارچ ها رسیده و فعالیت آن ها کند تر گردد، توجه نمائید که حداقل ۲ تا ۵ سانت بالای ظرف خالی باشد تا کمی هوا داخل آن وجود داشته باشد.

ضمنا مدت ۱۰ روز حد اکثر زمانی می باشد که می توان قارچ ها را داخل یخچال نگهداری کرد و در این حالت بهتر است بین ۷ تا ۱۰ روز شیر قارچ های را تعویض نمائیم.

نشانه های خراب شدن و غیر قابل استفاده بودن قارچ کفیر:

1. رنگ قارچ های سالم پس از شستشو با آب، باید سفید متمایل به شیری باشد. هر رنگ دیگری مثلا صورتی، زرد و ... نشانه خراب شدن قارچ ها می باشد.
2. قارچ کفیر و کفیر تولید شده از آن باید بوی متداول لبنیات را بدهد، اگر بوی تعفن یا خرابی مانند دیگر مواد خوراکی خراب داشته باشد، حتی اگر قارچ ها به رنگ سفید باشند، قارچ خراب شده.
3. مزه کفیر تولید شده باید مطبوع باشد یعنی مزه کفیر تولیدیتان باید ترش، شیرین یا ملس باشد، اگر تلخ یا نامطبوع باشد احتمالا قارچ کفیر شما خراب شده یا کفیر را به روش صحیح از نظر زمان و تناسب مقدار قارچ و شیر تولید ننموده اید.

توجه نمائید که:

اگر شیر تخمیر شده توسط قارچ کفیر به صورت اصطلاحا آب و دان جدا شده باشد، این نشانه خرابی نمی باشد. بلکه یعنی شیر کاملا تخمیر شده است با هم زدن ظرف، و مخلوط شدن آب با دیگر محتویات، کفیر یکدست شده و کاملا سالم می باشد.

همچنین رنگ زرد کم رنگ متمایل به رنگ شیری روی ظرف تخمیر (نه قارچ) که معمولا به صورت ترک خورده نیز در می آید، نشانه تخمیر زیاد شیر و ماندن ظرف تخمیر بیش از زمان مورد نیاز می باشد و نشانه خرابی نمی باشد، اگر قارچ ها نشانه های توضیح داده شده بالا را نداشته باشند، استفاده مجدد از قارچ کفیر مانده در این حالت مشکلی ایجاد نمی کند.

قارچ کفیر سالم و طبیعی تشکیل شده از انواع مختلف باکتری و مخمر (حدود ۵۰ نوع مختلف باکتری و مخمر مفید) می باشد. هر نوع از این باکتری و مخمرها دارای دمای تحمل متفاوتی می باشند، به طور کلی برای زنده ماندن کلیه این باکتری و مخمرها درجه دمای قارچ کفیر حدودا باید بین ۱ تا حداکثر ۳۶ درجه سانتیگراد باشد.

دمای بالای ۳۶ درجه سانتگیراد باعث از بین رفتن تعدادی از انواع این باکتری ها شده و در بهترین حالت کیفیت کفیر تولیدی پس از آن به شدت کاهش می یابد.

پس مثلا اگر دمای شیر شما حدود ۵۰ درجه باشد تعداد بیشتری از انواع باکتری یا مخمر آنها ازبین خواهند رفت تا اگر دمای شیر ۴۰ درجه باشد.

در دمای بالای ۶۸ درجه به مدت بیش از ۵ دقیقه، کلیه باکتری ها و مخمرهای قارچ کفیر از بین خواهند رفت.

پس به هیچ عنوان نباید از شیر گرم یا داغ برای درست کردن کفیر استفاده نمود، باید اجازه داد که شیر کاملا خنک و همدما با محیط پیرامون گردد، سپس با قارچ کفیر مخلوط شود.

استفاده از شیری که داخل یخچال قرار داده شده و دمای آن حدودا ۴ درجه سانتیگراد است مشکلی برای قارچ ها ایجاد نمی نماید، فقط پروسه تخمیر کمی طولانی تر خواهد شد.