برای تولید کفیر می توانید از انواع شیر حیوانی یا گیاهی استفاده نمایید که در قسمت جزییات مقاله طرز تهیه کفیر به طور کامل در مورد آن توضیح داده شده است. یا در این مقاله طرز تهیه کفیر با شیر های گیاهی نیز کاملا توضیح داده شده.

مهم این می باشد که شیر سالم وعاری از هر نوع میکروب باشد و از شیر هایی که داخل بسته بندی های با زمان نگهداری بالای ۱۰ روز می باشند استفاده ننمایید.

فقط توجه نمایید که تغییر مداوم نوع شیر برای قارچ نیز موجب تنبلی و گاها از بین رفتن قارچ کفیر گردد.

پس شما می توانید از شیر گاو، شیر گوسفند، شیر شتر که به صورت روزانه در بازار در بسته بندی های ۴ یا ۵ روزه وجود دارد برای تولید کفیر استفاده نمایید.

اگر می خواهید  از شیر لبنیات های سنتی استفاده نمایید، حتما باید آنرا قبل از استفاده بجوشانید و اجازه دهید کاملا خنک گردد (دمایی کمتر از ۲۸ درجه) و از آن برای تولید کفیر استفاده نمایید.